カスパーゼ3はユビキタスに発現しており、他のカスパーゼと同様に不活性型（32kDa）のプロ酵素として合成される。活性化されると、カスパーゼ3はAsp28-Ser29とAsp175-Ser176で切断され、それぞれ17kDaと12kDaの2つのサブユニットが生成される。