Pax-5はB細胞特異的活性化タンパク質（BSAP）である。B細胞発生の初期段階において、Pax-5はCD19やCD20のようないくつかのB細胞特異的遺伝子の発現に影響を及ぼす。Pax-5は主にプロ、プレ、成熟B細胞で発現するが、形質細胞では発現しない。興味深いことに、Pax-5のmRNAは胚発生の間、間脳と脊髄で一過性に検出される。その後、発現は胎児の肝臓に移行し、Bリンパ球形成の開始と相関する。このことは、Pax-5がB細胞の発生に重要であることを示しているが、適切な神経細胞の発生にも関与している可能性がある。